4th-generation TIMS XR cell with even greater dynamic range can identify more than 100k unique peptides with 60 min gradients at one microgram protein loads, with high-confidence at 1% FDR and without antigen cross-reactivity
Increased dynamic range plus new 14-bit digitizer offer excellent quantitation with <5% protein CVs for many proteins in three-proteome mixture
Co-distribution for CellenONE pico-dispenser for single cell proteomics (SCP)
New PaSER™ real-time data streaming and intelligent acquisition control
timsTOF Pro 2 system revolutionizes 4D Metabolomics together with pioneering partners in small molecule biomarker discovery
MINNEAPOLIS--(BUSINESS WIRE)--At the 70th ASMS meeting, Bruker Corporation (Nasdaq: BRKR) today announced the further evolution of the revolutionary 4D Multiomics timsTOF platform with the launch of the new timsTOF HT system. The timsTOF HT includes a novel 4th-generation TIMS (trapped ion mobility separation) XR cell and 14bit digitizer for even greater dynamic range, enhanced peptide coverage and more accurate quantitation, particularly in unbiased 4D plasma and tissue proteomics and epiproteomics.
These advances are achieved without compromising the ultra-high sensitivity and extreme robustness for high-throughput proteomics, e.g., at 50 samples per day (SPD) or up to 200 SPD, or the high scientific confidence of better than 1% peptide and protein FDRs (false discovery rates), avoiding inherent antigen cross-reactivity in targeted immune-recognition methods. The timsTOF HT instrument can identify over 100k unique tryptic peptides in 60min gradients with accurate quantification of better than 5% CVs for many protein groups in low microgram quantities of a three-proteome mixture, using the dia-PASEF technique. The timsTOF HT also is optimized for high-throughput, deep and unbiased plasma proteomics and liquid biopsy biomarker research.
Professor Florian Meier from the University of Jena said: “Our ongoing collaboration with Bruker to stream-line tissue analysis is a key area in clinical proteomics, yet extremely challenging as tissue sections and biopsies comprise very heterogenous cell populations. The dia-PASEF acquisition mode on the timsTOF HT instrument quantifies proteins across a large dynamic range even in notoriously difficult samples, such as cardiac tissue, without sacrificing throughput or sensitivity.”
Dr. Bruce Wilcox, Vice President of Proteomics at PrognomiQ Inc., uses the Seer Proteograph and the timsTOF Pro 2 for deep, unbiased plasma proteomics in the discovery of biomarkers in a pancreatic cancer study. Dr. Wilcox stated: “We detected 3822 protein groups across all 5 Seer nanoparticles for the 193 pancreatic cancer and healthy subject samples. Some 2933 protein groups were identified in at least 25% of the patient samples, using our several timsTOF systems.”
At ASMS, Bruker also announced that its timsTOF SCP system with extreme sensitivity is now also available via a co-distribution agreement with Scienion, together with the CellenONE F1.4 single-cell pico-dispenser and the new ProteoChip™, as a single vendor solution for unbiased, label-free single cell proteomics (SCP).
Dr. Holger Eickhoff, CEO and founder of Scienion GmbH, a BICO company, commented: “We are pleased to offer this complete SCP solution together with Bruker. Through our expanded partnership we can even better address the needs of the single cell proteomics community by combining the expertise of our SCP teams for accelerated research solutions development in single cell proteomics.”
PaSERTM with LFQ and Intelligent Acquisition Mode
At ASMS, Bruker demonstrated PaSER’s real-time data streams and feedback loops for intelligent acquisition processes: developed in collaboration with the Yates Lab at Scripps, users can impute acquisition parameters ‘on-the-fly’ based on PaSER’s real-time decision making for PTM targeting, retention time alignment, and dynamic inclusion and exclusion. This creates a smarter instrument for scheduling unseen candidates and deeper analysis.
Professor Alain van Gool, Head of the Translational Metabolic Laboratory at the Radboud university medical center in Nijmegen, NL, said: “We use mass spectrometry for discovery of translational biomarkers in personalized diagnostics in inherited metabolic disorders, where we focus on expression and glycosylation of protein biomarkers, and have implemented diagnostic assays. We innovate these workflows using two timsTOFs that have proven to be fast and reliable, supported by PaSER for real-time processing, (glyco)peptide identification and adjustment of instrument parameters on-the-fly. We are excited to collaborate with Bruker within our joint Center for Translational Omics on the development of feedback-based intelligent acquisition modes for glycoproteomics in clinical applications.”
PaSER version 2023 now includes real-time label-free quantitation (LFQ) for dda-PASEF, where ‘run and done’ quantitative results are available shortly after large sample cohorts have been acquired. PaSER 2023 also incorporates TIMS DIA-NN 1.1 for dia-PASEF.
Transforming high-throughput and high-confidence discovery 4D Metabolomics
The high sensitivity timsTOF Pro 2 system assists pioneering small molecule biomarker discovery partners in revolutionizing metabolomics at unprecedented scale. New workflows for the discovery of biomarkers to accelerate drug discovery and novel natural products exploit the robustness, speed and confidence of the timsTOF platform in 4D metabolomics.
Sapient Bioanalytics LLC accelerates drug discovery by uncovering pathways associated with disease mechanism, progression and patient response by using population-level data to identify sensitive biomarkers in ultra-high throughput.
Mo Jain, MD/PhD, Founder and CEO of Sapient, explained: “Sapient’s proprietary rapid LC-MS systems allow to measure thousands of molecules, including uncharacterized compounds in samples such as blood. Our six next-gen timsTOF Pro 2 systems allow us to measure more than 11,000 small molecule biomarkers per bio-sample in 43 seconds. These systems provide unmatched capacity to measure over 10,000 bio-samples per day.”
Dr. Viswa Colluru, CEO and Founder of Enveda Biosciences, uses timsTOF Pro 2 systems to discover new compounds in nature’s chemistry at an extraordinary pace. He said: “The trapped ion-mobility collision cross-section (CCS) data provided by Bruker’s timsTOF provides unprecedented 4D resolution of the many isomers in the natural world, enabling us to find novel therapeutic compounds in complex mixtures. The timsTOF Pro 2 combines cutting-edge virtually lossless ion-mobility technology with fast high-resolution TOF detection. This combination helps us profile the natural world at scale and industrialize applications in drug discovery. Bruker’s commitment to innovation and customers makes them a great partner. We are excited to continue to redefine the boundaries of metabolomics with them.”
OligoQuestTM enhanced RNA and Oligonucleotide characterization software
Bruker’s OligoQuest software offers enhanced RNA and oligonucleotide characterization for antisense research, RNA therapeutics, confirmation of guide RNA sequences for CRISPR, and other gene editing techniques. By exploiting the high isotopic fidelity and mass accuracy of Bruker’s maXis II and timsTOF platforms, OligoQuest enables identity confirmation by intact mass and MS2 analysis. Customers are using OligoQuest for confirmation of modified RNA sequences and base exchanges in isomeric oligonucleotides. OligoQuest fills the gap in RNA and oligonucleotide data analysis with tested algorithms, and also allowing customers to use their own oligonucleotide “alphabet” for standard or customized modifications.
Dr. Ingo Röhl, Managing Director Operations, Axolabs GmbH in Kulmbach, Germany, said: “Isomeric Oligos can be analyzed with OligoQuest software allowing to identify base exchanges. Already the first version has been included in our day-to-day workflows.”
Dr. Michael Greig, Director of BioPharma for Bruker Daltonics, added: “Axolabs was one of the first companies to focus on RNAi therapeutics since 2000. Getting their validation for OligoQuest during the beta-testing phase was important, as we could address the critical needs of this important class of biologics in a meaningful manner.”
About Bruker Corporation (Nasdaq: BRKR)
Bruker is enabling scientists to make breakthrough discoveries and develop new applications that improve the quality of human life. Bruker’s high performance scientific instruments and high value analytical and diagnostic solutions enable scientists to explore life and materials at molecular, cellular and microscopic levels. In close cooperation with our customers, Bruker is enabling innovation, improved productivity and customer success in life science molecular and cell biology research, in applied and pharma applications, in microscopy and nanoanalysis, as well as in industrial applications. Bruker offers differentiated, high-value life science and diagnostics systems and solutions in preclinical imaging, clinical phenomics research, proteomics and multiomics, spatial and single-cell biology, functional structural and condensate biology, as well as in clinical microbiology and molecular diagnostics. Please visit www.bruker.com.
ячейка TIMS XR 4-го поколения с еще большим динамическим диапазоном может идентифицировать более 100 тыс. уникальных пептидов с 60-минутными градиентами при нагрузке в один микрограмм белка, с высокой достоверностью при 1% FDR и без перекрестной реакции с антигенами.
Увеличенный динамический диапазон плюс новый 14-битный дигитайзер обеспечивают превосходное количественное определение с <5% CVS белка для многих белков в трехпротеомной смеси
Совместное распределение пикодиспенсера СелленОНА для одноклеточной протеомики (SCP)
Новая потоковая передача данных PaSER™ в режиме реального времени и интеллектуальное управление сбором данных
Система timsTOF Pro 2 революционизирует 4D метаболомику вместе с партнерами-первопроходцами в области обнаружения биомаркеров малых молекул
МИННЕАПОЛИС -- (BUSINESS WIRE)--На 70-м собрании ASMS корпорация Bruker (Nasdaq: BRKR) сегодня объявила о дальнейшем развитии революционной платформы timsTOF 4D Multiomics с запуском новой системы timsTOF HT. timsTOF HT включает в себя новую рентгеновскую ячейку TIMS 4-го поколения (разделение подвижности захваченных ионов) и 14-битный дигитайзер для еще большего динамического диапазона, расширенного охвата пептидов и более точного количественного определения, особенно в беспристрастной 4D плазме и тканевой протеомике и эпипротеомике.
Эти достижения достигаются без ущерба для сверхвысокой чувствительности и чрезвычайной надежности для высокопроизводительной протеомики, например, при 50 образцах в день (SPD) или до 200 SPD, или высокой научной достоверности более 1% пептидных и белковых FDRS (частота ложных обнаружений), что позволяет избежать перекрестного скрещивания антигенов.- реактивность в целевых методах иммунного распознавания. Прибор timsTOF HT может идентифицировать более 100 тыс. уникальных триптических пептидов в 60-минутных градиентах с точным количественным определением более 5% CVs для многих групп белков в малых микрограмм количествах смеси из трех протеомов, используя метод dia-PASEF. timsTOF HT также оптимизирован для высокопроизводительной, глубокой и объективной протеомики плазмы и исследования биомаркеров жидкой биопсии.
Профессор Флориан Мейер из Йенского университета сказал: “Наше постоянное сотрудничество с Bruker для анализа тканей в режиме реального времени является ключевой областью клинической протеомики, но чрезвычайно сложной, поскольку срезы тканей и биопсии содержат очень гетерогенные популяции клеток. Режим сбора данных dia-PASEF на приборе timsTOF HT позволяет количественно определять белки в широком динамическом диапазоне даже в заведомо сложных образцах, таких как сердечная ткань, без ущерба для пропускной способности или чувствительности.”
Доктор Брюс Уилкокс, вице-президент по протеомике в PrognomiQ Inc., использует протеограф Seer и timsTOF Pro 2 для глубокой, объективной протеомики плазмы при обнаружении биомаркеров в исследовании рака поджелудочной железы. Доктор Уилкокс заявил: “Мы обнаружили 3822 группы белков во всех 5 наночастицах Seer для 193 образцов рака поджелудочной железы и здоровых людей. Около 2933 групп белков были идентифицированы по меньшей мере в 25% образцов пациентов с использованием наших нескольких систем timsTOF.”
В ASMS Bruker также объявила, что ее система timsTOF SCP с повышенной чувствительностью теперь также доступна по соглашению о совместном распространении с Scienion, вместе с одноклеточным пико-диспенсером CellenONE F1.4 и новым ProteoChip™ в качестве решения от одного поставщика для беспристрастной одноклеточной протеомики без меток. (SCP).
Доктор Хольгер Эйкхофф, генеральный директор и основатель Scienion GmbH, компании BICO, прокомментировал: “Мы рады предложить это комплексное решение SCP вместе с Bruker. Благодаря нашему расширенному партнерству мы можем еще лучше удовлетворять потребности сообщества одноклеточных протеомиков, объединяя опыт наших команд SCP для ускоренной разработки исследовательских решений в области одноклеточной протеомики”.
PaSERTM с LFQ и интеллектуальным режимом сбора данных
На ASMS Bruker продемонстрировал потоки данных PaSER в реальном времени и петли обратной связи для интеллектуальных процессов сбора данных: разработанный в сотрудничестве с лабораторией Йейтса в Scripps, пользователи могут определять параметры сбора данных "на лету" на основе принятия решений PaSER в режиме реального времени для таргетинга PTM, выравнивания времени хранения и динамическое включение и исключение. Это создает более эффективный инструмент для планирования невидимых кандидатов и более глубокого анализа.
Профессор Ален ван Гул, руководитель лаборатории трансляционного метаболизма в медицинском центре университета Радбуда в Неймегене, Северная Каролина, сказал: “Мы используем масс-спектрометрию для обнаружения трансляционных биомаркеров в персонализированной диагностике наследственных метаболических нарушений, где мы фокусируемся на экспрессии и гликозилировании белковых биомаркеров, и внедрили диагностические анализы. Мы внедряем инновации в эти рабочие процессы, используя два timsTOFs, которые зарекомендовали себя как быстрые и надежные, поддерживаемые PaSER для обработки в реальном времени, идентификации (глико) пептидов и настройки параметров прибора "на лету". Мы рады сотрудничать с Bruker в рамках нашего объединенного Центра трансляционной омики в разработке интеллектуальных режимов сбора данных на основе обратной связи для гликопротеомики в клинических приложениях”.
PaSER версии 2023 теперь включает в себя количественное определение без меток в режиме реального времени (LFQ) для dda-PASEF, где количественные результаты ‘run and done’ доступны вскоре после получения больших выборочных групп. PaSER 2023 также включает в себя TIMS DIA-NN 1.1 для dia-PASEF.
Преобразование высокопроизводительной и высоконадежной 4D-метаболомики для обнаружения с высокой степенью достоверности
Высокочувствительная система timsTOF Pro 2 помогает новаторским партнерам по разработке биомаркеров на основе малых молекул революционизировать метаболомику в беспрецедентных масштабах. Новые рабочие процессы для обнаружения биомаркеров для ускорения разработки лекарств и новых натуральных продуктов используют надежность, скорость и уверенность платформы timsTOF в 4D метаболомике.
Sapient Bioanalytics LLC ускоряет поиск лекарств, выявляя пути, связанные с механизмом заболевания, прогрессированием и реакцией пациента, используя данные на уровне популяции для выявления чувствительных биомаркеров со сверхвысокой пропускной способностью.
Мо Джайн, доктор медицинских наук, основатель и генеральный директор Sapient, пояснил: “Запатентованные системы rapid LC-MS компании Sapient позволяют измерять тысячи молекул, включая нехарактерные соединения в образцах, таких как кровь. Наши шесть систем timsTOF Pro 2 нового поколения позволяют нам измерять более 11 000 биомаркеров малых молекул на биопробу за 43 секунды. Эти системы обеспечивают непревзойденную производительность для измерения более 10 000 биологических образцов в день”.
Доктор Вишва Коллуру, генеральный директор и основатель Enveda Biosciences, использует системы timsTOF Pro 2 для открытия новых соединений в химии природы с невероятной скоростью. Он сказал: “Данные о поперечном сечении столкновения подвижности захваченных ионов (CCS), предоставленные timsTOF от Bruker, обеспечивают беспрецедентное разрешение 4D для многих изомеров в природе, позволяя нам находить новые терапевтические соединения в сложных смесях. timsTOF Pro 2 сочетает в себе передовую технологию ионной подвижности практически без потерь с быстрым определением TOF с высоким разрешением. Это сочетание помогает нам масштабно изучать природу и внедрять промышленные приложения для разработки лекарств. Приверженность Bruker инновациям и клиентам делает их отличным партнером. Мы рады продолжать пересматривать границы метаболомики вместе с ними”.
OligoQuestTM улучшенное программное обеспечение для определения характеристик РНК и олигонуклеотидов
Программное обеспечение OligoQuest от Bruker предлагает улучшенную характеристику РНК и олигонуклеотидов для антисмысловых исследований, РНК-терапии, подтверждения направляющих последовательностей РНК для CRISPR и других методов редактирования генов. Используя высокую точность определения изотопов и точность определения массы платформ maXis II и timsTOF от Bruker, OligoQuest позволяет подтвердить идентификацию с помощью анализа неповрежденной массы и MS2. Клиенты используют OligoQuest для подтверждения модифицированных последовательностей РНК и обмена оснований в изомерных олигонуклеотидах. OligoQuest заполняет пробел в анализе данных о РНК и олигонуклеотидах с помощью проверенных алгоритмов, а также позволяет клиентам использовать свой собственный олигонуклеотидный “алфавит” для стандартных или индивидуальных модификаций.
Доктор Инго Рель, операционный директор Axolabs GmbH в Кульмбахе, Германия, сказал: “Изомерные олигосахариды можно анализировать с помощью программного обеспечения OligoQuest, позволяющего идентифицировать обмены оснований. Первая версия уже включена в наши повседневные рабочие процессы”.
Доктор Майкл Грейг, директор по биофарме Bruker Daltonics, добавил: “Axolabs была одной из первых компаний, которая с 2000 года сосредоточилась на RNAi-терапии. Получение их валидации для OligoQuest на этапе бета-тестирования было важно, поскольку мы могли бы значимым образом удовлетворить критические потребности этого важного класса биологических препаратов”.
О корпорации Bruker (Nasdaq: BRKR)
Bruker позволяет ученым делать прорывные открытия и разрабатывать новые приложения, которые улучшают качество человеческой жизни. Высокопроизводительные научные приборы Bruker и высококачественные аналитические и диагностические решения позволяют ученым исследовать жизнь и материалы на молекулярном, клеточном и микроскопическом уровнях. В тесном сотрудничестве с нашими клиентами Bruker способствует инновациям, повышению производительности и успеху клиентов в исследованиях молекулярной и клеточной биологии в области естественных наук, в прикладных и фармацевтических приложениях, в микроскопии и наноанализе, а также в промышленных приложениях. Bruker предлагает дифференцированные, высокоэффективные системы и решения для науки о жизни и диагностики в области доклинической визуализации, клинических исследований феноменов, протеомики и мультиомики, пространственной и одноклеточной биологии, функциональной структурной и молекулярной биологии, а также в клинической микробиологии и молекулярной диагностике. Пожалуйста, посетите www.Bruker.com .
Показать большеПоказать меньше